Boukyaku Battery adalah cerita tentang baterai bisbol terkenal yang terdiri dari pitcher jenius Haruka Kiyomine dan penangkap berpengalaman Kei Kaname yang juga dikenal sebagai "Jenderal." Selama hari-hari liga senior mereka, mereka berbakat tidak hanya untuk memenangkan pertandingan, tetapi juga menghancurkan harapan dan impian banyak pemain sekolah menengah pertama yang mereka lawan. Namun, Kaname kehilangan ingatannya dan keduanya masuk ke SMA Kotesashi, sebuah SMA publik biasa. Di sekolah yang sama, mereka bertemu beberapa pemain berbakat yang berhenti bermain bisbol setelah melawan mereka di sekolah menengah pertama. Ini adalah cerita tentang mereka berkumpul di klub bisbol baru yang baru didirikan untuk bermain bisbol lagi.