Shy telah berkembang setelah bertarung melawan 'Amalareik,' yang dipimpin oleh anak laki-laki misterius bernama Stigma. Ketika dia kembali ke Jepang, dia bertemu dengan seorang gadis bernama Ai Tennouji yang melarikan diri dari desa ninja-nya. Ai memberi tahu Shy bahwa dia meninggalkan desa untuk mengejar seorang anggota 'Amalareik.' Sementara itu, terjadi insiden di mana Tokyo tiba-tiba diselimuti oleh bola hitam dan menghilang. Para pahlawan dikerahkan untuk menyelamatkan Tokyo.
